Theo Lịch triều hiến chương loại chí của Phan Huy Chú, vào đầu thời nhà Nguyễn, Thuận Hóa vẫn gồm 2 phủ Triệu Phong và Quảng Bình, nhưng có mở rộng về địa giới hơn so với thời chúa Nguyễn (chép trong Phủ biên tạp lục):

• Phủ Triệu Phong, gồm 5 huyện nhưng có thêm 2 châu: các huyện Quảng Điền (Đan Điền), Hương Trà (Kim Trà), Phú Vang (Tư Vinh, hay Phú Vinh), Hải Lăng, Đăng Xương (Vũ Xương); 2 châu Thuận Bình và Sa Bôi.
• Phủ Quảng Bình gồm 2 huyện và 2 châu: huyện Khang Lộc, huyện Lệ Thủy, châu Minh Linh (Vĩnh Linh), châu Bố Chính (Nam Bố Chính (Bố chính Nội tức Bố Trạch ngày nay), Bắc Bố Chính (Bố Chính Ngoại tức Quảng Trạch ngày nay), mở rộng hơn ra bắc sông Gianh so với thời chúa Nguyễn.)